Mūsu pētījums – uz žurnāla ChemBioChem vāka

Back Cover: Diversified Structural Basis of a Conserved Molecular Mechanism for pH-Dependent Dimerization in Spider Silk N-Terminal Domains (ChemBioChem 12/2015) Link to article

IMG_2093
Posted in Uncategorized | Leave a comment

Seminārs par molekulāro modelēšanu jaunu zāļu vielu dizainam

InnovaBalt 283

REĢISTRĒTIES ŠEIT

5th June 2015, Conference Hall, Latvian Institute of Organic Synthesis

9.45-10.00 Registration and coffee
10.00-10.05 Welcome remarks
10.05-10.50 Amedeo Caflisch (University of Zürich, Zürich, Switzerland)
Molecular dynamics in drug design
10.50-11.35 Christoph Rademacher (Max Planck Institute of Colloids and Interfaces, Berlin, Germany)
Fragment-based ligand design of C-type lectin ligands
11.35-12.00 Discussions and snacks
Posted in Uncategorized | Leave a comment

Profesora Volker Dötsch (Goethe University Frankfurt) lekcijas

InnovaBalt 283

REĢISTRĒTIES ŠEIT

21st April 2015, Conference Hall, Latvian Institute of Organic Synthesis

9.45-10.00 Registration and coffee
10.00-10.05 Welcome remarks
10.05-10.50 Combination of cell-free synthesis and NMR spectroscopy for the structure determination of membrane proteins
10.50-11.35 In-cell NMR studies for the investigation of the behavior of macromolecules in living cells
11.35-12.00 Coffee break
12.00-12.45 The tales of p63: investigation of the structure and function of p63, using a wide variety of techniques
12.45-13.15 Discussions and snacks
Posted in Uncategorized | Leave a comment

800 MHz KMR spektrometra inaugurācija

IMGP9134Oficiālā lentītes pārgriešana institūta direktora prof. Ivara Kalviņa un Fizilikāli-organiskās ķīmijas laboratorijas dibinātāja prof. Jāņa Stradiņa izpildījumā IMG_2787Inaugurācijas simpozija lektori: (no kreisās) Guido Pintacuda, Martin Billeter, Gottfried Otting, Edvards Liepiņš, Kristaps Jaudzems, Henrik Biverstål and Ēriks Kupče

TV sižets no spektrometra atklāšanas

Posted in Uncategorized | Leave a comment

800 MHz KMR spektrometra inaugurācijas simpozijs

InnovaBalt 283

REĢISTRĒTIES ŠEIT

27th January 2014, Conference Hall, Latvian Institute of Organic Synthesis

9.30-10.00 Registration and coffee
10.00-10.15 Welcome remarks
10.15-10.50 Gottfried Otting (Australian National University, Canberra, Australia)
Lanthanides for structural biology by NMR
10.50-11.25 Guido Pintacuda (Center for High Field NMR, Lyon, France)
High-resolution 1H-detected solid-state NMR: from microcrystalline proteins to large assemblies
11.25-11.40 Coffee break
11.40-12.15 Martin Billeter (University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden)
Intercalation of large molecules into DNA: intermediates and mechanisms
12.15-12.50 Ēriks Kupče (Bruker Biospin, Coventry, UK)
New ways to record multi-dimensional NMR spectra
12.50-13.45 Lunch
13.45-14.10 Henrik Biverstål (Karolinska Institute, Stockholm, Sweden)
Biophysical studies of the BRICHOS-domain
14.10-14.35 Kristaps Jaudzems (Latvian Institute of Organic Synthesis)
Mechanism of spider silk formation by NMR
14.35-14.50 Concluding remarks
15.00-15.20 Formal opening of the 800 MHz NMR spectrometer facility
15.20-16.00 Reception
Posted in Uncategorized | Leave a comment

Ieradies jaunais 800 MHz KMR spektrometrs

IMG_2093 IMG_2097
Posted in Uncategorized | Leave a comment

LZP tematisko pētījumu projektu konkurss – kas īsti slēpjas aiz skaisti skanošā “starptautiskā izvērtējuma”?

Šodien LZP priekšsēdētājam A. Siliņam nosūtījām 15 OSI un BMC pētnieku parakstītu vēstuli, kurā vērsām uzmanību uz pieļautajām vairākām būtiskām nepilnībām nupat notikušajā LZP fundamentālo un lietišķo pētījumu projektu konkursa vērtēšanas procesā. Uzskatām, ka šīs nepilnības neļāva pilnībā sasniegt konkursa mērķus un tādēļ pieprasījām LZP līdz 2013. gada beigām izsludināt jaunu fundamentālo un lietišķo pētījumu projektu konkursu, kurā pieteikumu izvērtēšana notiktu, ņemot vērā vēstulē norādītos ierosinājumus.

Šogad pirmo reizi projektu pieteikumu izvērtēšanai tika piesaistīti ārzemju eksperti, un kā tas bieži pirmajās reizēs gadās, par rezultātu varētu teikt “gribējām kā labāk, sanāca kā vienmēr”.

Ārzemju ekspertiem projektu pieteikumi bija jāizvērtē pēc 5 kritērijiem, novērtējot katru ar 1-5 punktiem un savu vērtējumu pamatojot. Katru projektu izvērtēja 3 ārzemju eksperti, tādējādi, maksimālā iegūstamā punktu kopsumma bija 75. Mēs iesniedzām divus projektu pieteikumus: “Structural and interaction studies of an engineered carbonic anhydrase IX: application in anti-cancer drug discovery” un “Structural studies of obesity-related peptide hormones”. Ārzemju ekspertu vērtējumi par šiem projektiem bija attiecīgi 17, 24 un 14 punkti (summa 55) par pirmo un 23, 15 un 24 (summa 62) par otro.

Pirmkārt, liekas nenormāli, ka dažādu ekspertu vērtējumi par vienu un to pašu projektu tik krasi atšķiras. Lai arī MK noteikumu Nr.227 “Fundamentālo un lietišķo pētījumu projektu izvērtēšanas, finansēšanas un administrēšanas kārtība” 41. punktā teikts “Ja kāda eksperta kopējais projekta vērtējums atšķiras no jebkura cita eksperta kopējā projekta vērtējuma vairāk nekā par 50 %, komisija organizē pieaicināto ekspertu diskusiju, lai vienotos par projekta iesnieguma vērtējumu, vai piesaista projekta vērtēšanai papildu ekspertu”, mums pieejamie dokumenti neliecina, ka LZP būtu rīkojusi ekspertu diskusiju, vai pieaicinājusi papildu ekspertu. Jāsecina, ka atšķirības novērtējumos vienkārši ignorētas.

Otrkārt, gan ārzemju ekspertu, gan vietējās ekspertu komisijas vērtējumi ir nepietiekami pamatoti, brīžiem pat absurdi. LZP gan tas nav uztraucis un tā vien liekas, ka neviens tos pamatojumus nav pat izlasījis, tikai saskaitīti punkti. Daži piemēri:
1) Kritērijā par pieteiktā projekta atbilstību uzsaukuma mērķiem viens no ekspertiem norāda, ka nesaprot, kas no viņa tiek prasīts. Tas gan nav liedzis LZP ņemt vērā ielikto vērtējumu, vai licis ekspertu aizstāt ar kādu citu.

lzp_granti12) Kāds eksperts 4 no 5 kritērijiem projekta pieteikumu novērtē ar 4 punktiem, bet nebilst neviena slikta vārda. Cits eksperts kritēriju par pieprasītā budžeta pamatojumu novērtē ar 3 punktiem, bet apraksta to kā sabalansētu un atbilstošu plānotajiem rezultātiem. Ekspertu komisija visos kritērijos projekta pieteikumu novērtē ar 4 punktiem, dodot tikai pozitīvas atsauksmes. Visos gadījumos nav nekāda pamatojuma, par ko piešķirti samazināti vērtējumi.

lzp_granti2lzp_granti3lzp_granti43) Kritērijā par pieprasītā budžeta pamatojumu eksperts norāda, ka pieteikums nesatur informāciju par budžetu, savukārt mūsu iesniegtajā pieteikumā budžets ir atainots, kā arī citi eksperti to ir izvērtējuši. Tas liek domāt, ka ekspertam budžeta sadaļa nav piestādīta.

lzp_granti54) Par ārzemju ekspertīzes darbu var spriest arī no sekojošā komentāra, kurā eksperts norāda, ka projekta pieteikumu izvērtēšanai saņēmis vienu dienu pirms novērtējuma iesniegšanas termiņa, kas viņam nav ļāvis iepazīties ar uzsaukuma mērķiem:

lzp_granti6

Treškārt, piedāvājums projekta pieteikumā norādīt ieteicamos vērtētājus (ārzemju ekspertus) mūsuprāt ir nepareiza prakse no interešu konflikta novēršanas nepieciešamības viedokļa. Rezultātā noteikti bija tādi projekti, kurus izvērtēja visi ieteiktie eksperti un tādi, kurus neizvērtēja neviens ieteiktais eksperts, kas pirmajiem varēja radīt priekšrocības. Pie tam, zinot uzvarējušo projektu pieteikumu iegūto punktu kopsummu (dabaszinātnēs tie bija 73 no 75 punktiem), var tikai (naivi) cerēt, ka šo projektu vērtētājiem nebija nekādu interešu konfliktu un Latvijas zinātne nākošajos 4 gados realizēs spīdošus projektus, kuru rezultāti gozēsies žurnālu Science un Nature slejās.

Posted in Uncategorized | Leave a comment

Jauna aparatūra proteīnu – mazu molekulu mijiedarbību pētījumiem

Mūsu laboratorija nesen ieguvusi jaunu un modernu zinātnisko aparatūru biomolekulāro mijiedarbību pētījumiem, kas balstīta uz virsmas plazmonu rezonanses (Biacore T200 instruments) un izotermālās titrēšanas kalorimetrijas (MicroCal iTC200 instruments) metodēm. Abi instrumenti ievērojami palīdzēs jaunu zāļu vielu atklāšanā, konkrētāk, Biacore T200 instrumentu izmantosim fragmentu skrīningam, bet MicroCal iTC200 instruments palīdzēs stuktūras-balstītam jaunu zāļu vielu dizainam. Svarīgi pieminēt, ka abas metodes ir ļoti komplementāras KMR spektroskopijai un daudzos gadījumos piedāvā iespējams labāku alternatīvu, piemēram, tādiem uzdevumiem kā fragmentu bibliotēkas skrīnings un saistības stipruma un termodinamisko parametru noteikšana.

Posted in Uncategorized | Leave a comment

Publicē mūsu pētījumus par zirnekļu tīkla zīda veidošanās mehānismu

Journal of Molecular Biology pieņēmis publicēšanai mūsu rakstu par zirnekļa tīkla zīda proteīna N-gala domēna struktūras pētījumiem, kas veikts sadarbībā ar prof. Jan Johansson no Karolinska institūta un prof. Stefan Knight no Zviedrijas Lauksaimniecības zinātņu universitātes. Publikācija pirms drukāšanas pieejama internetā. Mūsu pētījumi parāda, ka zīda veidošanās procesā, vides pH izmaiņu rezultātā zīda proteīna N-gala domēns izmaina savu struktūru, pārejot no monomēra uz dimēru stāvokli, kas veicina garu zīda pavedienu veidošanos. Zirnekļu tīkla zīda veidošanās mehānisma izpratne ir nepieciešama, lai uz šo zināšanu pamata nākotnē izstrādātu tehnoloģisku metodi, kā šo ārkārtīgi izturīgo un vieglo materiālu iegūt rūpnieciski.

Posted in Uncategorized | Leave a comment

EAST-NMR 2. Jauno pētnieku konference

No 16. līdz 18. maijam mūsu grupas dalībnieki – Kristaps, Inguna, Alons, Diāna un Mārtiņš piedalījās ES 7. IP projekta “EAST-NMR” 2. Jauno pētnieku konferencē, kas norisinājās Bratislavā. Konference bija domāta jauniem pētniekiem (pārsvarā doktorantūras vai pēc doktorantūras studentiem) papildus pieredzes gūšanai starptautiskās konferencēs. Pa starpu jaunajiem zinātniekiem uzstājās arī Eiropas mēroga KMR speciālisti, kā Harald Schwalbe, Vladimír Sklenář un Miquel Pons. No mūsējiem pats drosmīgākais bija Kristaps, kurš uzstājās ar mutisko prezentāciju par savu un Mārtiņa darbu saistībā ar zirņekļu tīkla zīda proteīnu struktūras pētījumiem ar KMR. Darbs izsauca lielu interesi starp klausītājiem un guva atzinīgus vārdus. Pārējie grupas dalībnieki aktīvi piedalījās stenda referātu prezentācijās, kuru laikā diskutēja ar citiem dalībniekiem, guva jaunas idejas un ieteikumus turpmākiem darbiem, kā arī saņēma kritiku no vadošajiem zinātniekiem, kas zinātnieku karjeras sākuma attīstībā ir svarīgi.

Jaunā pētniece Diāna pie sava stenda referāta. Jaunais pētnieks Mārtiņš pie sava stenda referāta.
Posted in Uncategorized | Leave a comment